История перевозчика неразрывно связана с развитием гражданской авиации в Сибири. Точкой отсчета принято считать 1957 год, когда с военного аэродрома в Новосибирской области, ставшего впоследствии аэропортом Толмачёво, был выполнен первый гражданский рейс на реактивном лайнере Ту-104. Это событие ознаменовало рождение Толмачёвского объединённого авиаотряда.
Новая глава началась 6 мая 1992 года — на базе авиаотряда была сформирована государственная авиакомпания «Сибирь». После приватизации в 1994 году предприятие было преобразовано в акционерное общество. В том же году компания получила международный код IATA — «S7», который в будущем станет основой всемирно известного бренда.